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要关闭拼多多商家的短信自动扣费功能，可以按照以下步骤操作。
1、登录拼多多商家后台或商家账户。
2、进入账户资金管理的页面。
3、找到自动代扣功能并点击进入，你可以看到所有被授权进行自动扣费的项目。
4、找到短信自动扣费服务并点击停止或关闭该功能，具体的操作方式可能会因页面设计不同而有差异，但一般会有明显的“关闭”或“停止”按钮。
5、确认关闭操作，在关闭时可能会弹出确认窗口，确保你真的想关闭该功能并遵循提示完成操作。
具体的操作步骤可能因拼多多平台的更新而略有变化，如果在操作过程中遇到任何问题，建议联系拼多多的客服支持寻求帮助，关闭短信自动扣费功能后，可能需要手动设置其他提醒方式以确保及时知晓账户动态。